En la noche del 22 de septiembre de 1846 la iglesia sufre un gran incendio cuya descripción vamos a extraer en la crónica de “El Semanario Pintoresco Español: “serían las ocho y media de la noche cuando las campanas de la Colegial anunciaron el fuego que, habiendo prendido en el maderamen interior del órgano por inadvertencia del artífice que lo afinaba, se descubría ya por encima del tejado apoderándose con la rapidez del rayo de los corpulentos tirantes que sustentaban las naves colaterales. Las señoras de la primera categoría se olvidaban de su débil complexión apresurándose a salvar, entres sus brazos las ropas exquisitas, las colgaduras, los objetos combustibles y los vasos de oro y plata. Rompianse a golpes de hacha las portezuelas de los relicarios y las gabetas de los roperos cuyas llaves no aparecían tan pronto… viéndose en pocos minutos el coro convertido en una fragua donde fluía el estaño derretido del órgano; los vidrios de las ventanas liquidados y el plomo que los aseguraba deshecho como cera en las paredes.